E’ stato segnalato un bug (anche questo blog ne era affetto) che riguardava i permalink con struttura che comprendesse

../index.php/…

Il bug verrà risolto nella versione 2.6.1 di WordPress in uscita a breve.

Per adesso c’è un piccolo workaround che si può usare andando in
bacheca -> impostazioni -> permalink
E immettendo i due valori “/category” e “/tag” nelle righe che chiedono le base delle categorie e il tag base.